L'origine de la Commission remonte à un congrès international convoqué à Rome durant l'année sainte de 1950, par Mgr Giovanni Battista Montini, Secrétaire d'État et futur Pape Paul VI. Participaient à ce congrès les responsables des aumôneries de prison provenant de plusieurs pays d'Europe, des Etats-Unis d'Amérique et de l'Argentine. Cinquante ans plus tard, avec 105 pays membres, la Commission devient une association publique de fidèles de l'Église catholique, a de nouveaux statuts, mais conserve toujours le même intérêt pour la pastorale des prisonniers.
Suite à ce congrès inaugural, d'autres congrès furent tenus en 1954, à Fribourg, en Suisse et en 1955, à Freiburg-im-Breisgau en Allemagne. En 1972, une rencontre a été convoquée à Rome. Lors de ce congrès, les participants ont été reçus par le Pape Paul VI. Afin d'établir la commission sur une base juridique, un comité intérimaire a opté pour une certaine forme d'association selon le code civil suisse. Des statuts été acceptés au mois de septembre 1974 au congrès de Londres. Étaient membres de la Commission, les aumôniers généraux en fonction ainsi que les personnes déléguées par les Conférences épiscopales des pays sans aumôniers généraux. Un congrès tenu tous les deux ou trois ans était l'activité principale de la Commission.
La Commission a changé plusieurs fois de nom au cours des années. Le terme « commission » choisi au début pour désigner la structure provisoire du comité exécutif, a été retenu en dépit de la confusion qu'il créait parfois.
| Munich | 26 - 30 septembre 1977 | Président elu: E. Schraven (Pays Bas) | ||
| Lucerne | 26 - 30 septembre 1980 | Président elu: M.P. Mascarello (France) | ||
| Strasbourg | 12 - 16 septembre 1983 | Président elu: Mgr. D. Atherton (Royaume Uni) | ||
| Madrid | 9 - 13 septembre 1985 | Président elu: Mgr. C. Curioni (Italie) | ||
| Vienne | 14 - 19 septembre 1987 | Président elu: Mgr. C. Curioni (Italie) | ||
| Rome | 14 - 21 septembre 1990 | Président elu: Mgr. C. Curioni (Italie) | ||
| Bovendonk | 12 - 16 septembre 1993 | Président elu: L.T. Kosatka (Japon) | ||
| Varsovie | 7 - 13 septembre 1996 | Président elu: L.T. Kosatka (Japon) | ||
| Mexico City | 11 - 17 septembre 1999 | Président elu: Mgr. J. Branson (Royaume Uni) | ||
| Dublin | 5 - 12 septembre 2003 | Président elu: Mr. Christian Kuhn (Autriche) | ||
| Rome | 5 - 12 septembre 2007 | Président elu: Mr. Christian Kuhn (Autriche) | ||
| Cameroon | 27 août - 1 septembre 2011 | Président elu: Fr. Brian Gowans (Ecosse) | ||
| Panama City | 7 -11 février 2017 | Président elu: Fr. Brian Gowans (Ecosse) |
En 1990, les membres de la Commission venaient de 39 pays, surtout d'Europe. En l'an 2000, le nombre de pays membres est passé à 105. C'eest aussi en l'an 2000 que la Commission a été acceptée par les Nations Unies dans le Conseil économique et social à New York, à Vienne et à Genève.
Dans une lettre datée du 24 octobre 1972, le Cardinal Wright mentionne pour la première fois la possibilité que la Commission devienne liée à Rome par la Commission du Clergé.
C'est au congrès tenu à Londres que les premiers statuts ont été présentés. Les buts de l'association étaient d'inciter les aumôniers de prison à mieux faire leur travail, de contribuer à la réforme pénale, de publier des documents, d'organiser des congrès et d'être présent auprès des organisations internationales comme les Nations Unies et le Conseil de l'Europe.
Le congrès suivant s'est tenu à Strasbourg en 1983. Les participants ont invité tous les chrétiens à référer à l'Evangile et à la pratique de l'Eglise à travers les âges, en prenant conscience des problèmes des prisonniers et de leurs familles. On demandait une alternative à la prison, et là où l'incarcération était inévitable, les chrétiens étaient invités à rendre cette expérience plus humaine. On incitait les fidèles à accueillir généreusement dans la communauté ceux qui avaient purgées leur peine.
Le Congrès de Madrid en 1985 demandait aux gouvernements de réduire la pratique d'incarcérer des mineurs, d'améliorer leurs conditions d'incarcération, de les protéger contre la violence physique et psychologique, de prévenir la surpopulation et d'assurer une formation efficace au personnel des prisons. Les participants demandaient à l'Eglise d'accorder aux prisons un nombre suffisant d'aumôniers qui soient, aussi, bien formés. On faisait aussi appel à la communauté chrétienne vivant à l'extérieur et à l'intérieur de la prison afin qu'elle veille à ce que tous soient traités avec humanité et respect.
Le Congrès de Vienne, de 1987 portait sur le rôle de l'incarcération et de ses effets sur les prisonniers et leur famille tout en déplorant l'absence de réhabilitation. On y soulignait l'importance de la réconciliation : réconciliation avec Dieu, avec la société, et avec soi-même. Un programme pastoral en milieu carcéral a aussi été présenté.
C'est au congrès de Rome que les participants ont demandé à l'Eglise d'adopter une position non équivoque sur la peine de mort, soulignant l'aspect inhumain d'une telle pratique et la déclarant inacceptable dans une société qui se dit démocratique et émancipée. On a lancé un défi aux conférences épiscopales de stimuler et de promouvoir les soins pastoraux des prisonniers au niveau national. On a incité la communauté chrétienne à maintenir un contact pastoral avec les prisonniers et leurs familles ainsi qu'avec les victimes d'actes criminels. On a aussi fait appel à la société civile la priant de promouvoir une réforme économique et sociale car l'injustice sociale est une cause majeure de crime. Les participants ont aussi fait appel aux gouvernements pour qu'ils procèdent à une réforme pénale fondamentale.
En 1993, au congrès tenu à Bovendonck, aux Pays-Bas, plusieurs documents provenant du Vatican et des Nations Unies ont été présentés : « L'ensemble des principes pour la protection des personnes détenues ou emprisonnées sous quelque forme que ce soit », la « Déclaration des Principes de Justice de base pour les victimes du crime et des abus de pouvoir » « les garanties assurant la protection des droits des condamnés à mort » ainsi que « Le code de conduite des personnes responsables de l'application des lois » et surtout « Les règles des normes minimales pour le traitement des prisonniers ». Les participants ont souligné les violations continues des droits humains des prisonniers. On a déploré les longues périodes, parfois de cinq à dix ans, durant lesquelles les prisonniers doivent attendre leur procès. Les congressistes ont rejeté l'usage de la peine de mort comme étant absolument incompatible avec les droits humains, demandant au Saint Siège et aux conférences épiscopales de se servir de leur influence afin de changer l'opinion publique et d'inciter les gouvernements à rejeter la peine de mort.
Au Congrès de Varsovie en 1996, on a déploré le manque de standards pour le traitement des personnes; et on a aussi souligné les déficiences du système carcéral, qui devrait promouvoir la justice au lieu de l'injustice et la brutalité dans les prisons. On y a exprimé le voeu que les règles pour le traitement de prisonniers soient appliquées, que les règles formulées par les Nations Unies sur la prévention du crime soient mises en force et que le droit des personnes détenues soit respecté.
Les congressistes ont aussi demandé aux conférences épiscopales et aux communautés religieuses de continuer leur ministère en milieu carcéral; ils ont reconnu explicitement le rôle des laïcs dans ce ministère; ils ont acclamé l'énoncé du Saint Siège disant que de facto la peine de mort n'était plus acceptable aujourd'hui; ils ont applaudi les efforts faits pour abolir totalement la peine de mort.
Le Congrès de Mexico en 1999 a traité entre autres de la violence et de la délinquance, affirmant que les prisons faisaient partie d'une « structure de péché » où l'on incarcérait trop de personnes au lieu de trouver d'autres alternatives. On a préconisé une justice réparatrice ainsi qu'à des modèles variés de réconciliation entre victimes et contrevenants. On soulignait de plus les conséquences négatives et déshumanisantes des prisons qui n'ont aucuns effets dissuasifs et ne protègent pas la société. Les participants ont exprimés leur solidarité avec le personnel des prisons qui s'engageait personnellement dans leur travail. Ce congrès a encore une fois condamné l'usage de la peine de mort dans plusieurs parties du monde, appuyant les efforts de ceux qui travaillent à l'abolition complète de cette coutume barbare de régler des problèmes humains. Les règles des Nations Unies pour l'indépendance judiciaire ont été discutées. On a lancé une invitation aux personnes de bonne volonté à développer une juste et profonde compréhension de la délinquance, et à la société, à rejeter l'image du prisonnier« bouc émissaire ».